I filtri interni biologici per acquari notoriamente hanno molto più volume filtrante rispetto ai filtri meccanici e, di conseguenza, possono essere utilizzati per diversi tipi di acquario (dolce o marino) e possono ospitare diversi tipi di materiali filtranti, differenti da quelli standard, avendo uno spazio decisamente maggiore ai meccanici.  La peculiarità del filtro biologico è il corso effettuato dall’acqua dal momento in cui entra nel filtro fino alla sua fuoriuscita. Aspirata dalla pompa di ricircolo, l’acqua incontra prima il termoriscaldatore (se presente), passando poi da un materiale a grana fine o grossa che può essere formato da spugne o fibra di perlon (fibra bianca). Esso trattiene le prime impurità, solitamente le più grossolane, ed è il primo stage filtrante. Dopodiché, l’acqua passa dal carbone (sotto forma di spugna o scaglie o cilindretti) che la chiarifica e ne elimina i cattivi odori per poi passare ai cannolicchi (in spugna o anelli di ceramica/vetro sinterizzato) o bioball in plastica se presenti, dove i batteri compiono l’ultimo passaggio di purificazione e denitrificazione prima che l’acqua torni in ricircolo pulita da tutte le sostanze nocive. I filtri interni biologici possono anche ospitare resine anti nitrati e/o anti fosfati quando necessario.

Anche in questo caso il processo di manutenzione non può essere assolutamente trascurato.

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